การจัดตั้ง “กองทุนเพื่อพัฒนาการอุดมศึกษา” ได้มีการนำเสนอในวาระการประชุมสภานโยบายการอุดมศึกษา วิทยาศาสตร์ วิจัยและนวัตกรรมแห่งชาติ(สอวช.) ครั้งที่ 1/2564 เมื่อวันที่ 4 กุมภาพันธ์ 2564 โดย สอวช. และ สำนักงานปลัดกระทรวงอุดมศึกษา วิทยาศาสตร์ วิจัยและนวัตกรรม (อว.) หรือสป.อว. ได้ร่วมศึกษาหลักการ และทำข้อเสนอการจัดตั้งกองทุนและร่างแก้ไขพระราชบัญญัติการอุดมศึกษา พ.ศ. 2562 ด้วยการเพิ่มเติมหมวดกองทุนเพื่อพัฒนาการอุดมศึกษา โดยอาศัยอำนาจตามมาตรา 47 แห่งพระราชบัญญัติการอุดมศึกษา พ.ศ. 2562 และ พระราชบัญญัติที่เกี่ยวข้อง เพื่อเสนอต่อที่ประชุมสภานโยบายฯ ซึ่งที่ประชุมได้มีมติเห็นชอบหลักการการจัดตั้งกองทุนดังกล่าว และมอบหมายให้กระทรวง อว. โดยสำนักปลัด อว. ดำเนินการขับเคลื่อนการจัดตั้งกองทุน และต่อมาคณะกรรมการนโยบายการบริหารทุนหมุนเวียน ได้เสนอเรื่องดังกล่าวต่อ ครม. และได้รับความเห็นชอบ
ศ.ดร.ศุภชัย ปทุมนากุล รองปลัดอว. กล่าวว่า การเกิดขึ้นของกองทุนเพื่อพัฒนาการอุดมศึกษา จะเป็นก้าวสำคัญที่จะสร้างการเปลี่ยนแปลงในวงการอุดมศึกษา ที่จะช่วยส่งเสริมและสนับสนุนการพัฒนาความเป็นเลิศของสถาบันอุดมศึกษาและการผลิตกำลังคนระดับสูงเฉพาะทางตามความต้องการของประเทศ ช่วยพัฒนาระบบการเรียนรู้ไปสู่การเรียนรู้ที่ตอบสนองการพัฒนาศักยภาพคนตลอดช่วงชีวิต ครอบคลุมคนทุกกลุ่มให้เข้าถึงการอุดมศึกษาที่มีคุณภาพ ได้ทุกที่ ทุกเวลา ในต้นทุนที่เข้าถึงได้ ส่งเสริมสนับสนุนระบบการพัฒนาศักยภาพ สมรรถนะ รวมถึงทักษะใรการถ่ายทอดความรู้ของคณาจารย์ให้ทันการเปลี่ยนแปลง รวมถึงส่งเสริมการจัดการศึกษาร่วมระหว่างสถาบันอุดมศึกษากับหน่วยงานภาครัฐ เอกชน ภาคประชาสังคม รวมทั้งสถาบันวิชาการทั้งในและต่างประเทศ เพื่อพัฒนาความรู้และทักษะที่เชื่อมต่อกับโลกการทำงาน รวมทั้งพัฒนาทักษะความเป็นผู้ประกอบการให้กับผู้เรียน
นายพันธุ์เพิ่มศักดิ์ อารุณี ผู้อำนวยการกองขับเคลื่อนและพัฒนาการอุดมศึกษา วิทยาศาสตร์ วิจัยและนวัตกรรม รักษาการในตำแหน่งที่ปรึกษาด้านพัฒนาการอุดมศึกษา วิทยาศาสตร์ วิจัยและนวัตกรรม กล่าวว่า การจัดตั้งกองทุนเพื่อพัฒนาการอุดมศึกษา มีแนวคิดมาจากความจำเป็นเพื่อพัฒนาสถาบันอุดมศึกษาในการผลิตกำลังคนที่มีคุณภาพรองรับการเปลี่ยนแปลงอย่างฉับพลัน (Disruptive change) และความจำเป็นในการพัฒนาการเรียนรู้ตลอดชีวิตเพื่อตอบสนองความต้องการของคนทุกช่วงวัยให้มีโอกาสเข้าถึงการศึกษาตามความต้องการของผู้เรียนได้ การจัดตั้งกองทุนจะช่วยสนับสนุนภารกิจเฉพาะด้านในการพัฒนาความเป็นเลิศของสถาบันอุดมศึกษาและการผลิตกำลังคนระดับสูงเฉพาะทางตามความต้องการของประเทศ เพื่อเป็นการส่งเสริมและสนับสนุนให้สถาบันอุดมศึกษาดำเนินพันธกิจไปในทิศทางที่สร้างความเข้มแข็งให้แก่ระบบเศรษฐกิจและสังคม รวมทั้งเพิ่มขีดความสามารถในการแข่งขันของประเทศ
โดยกองทุนเพื่อพัฒนาการอุดมศึกษาจะใช้แหล่งงบประมาณตามมาตรา 45 (3) งบพัฒนาความเป็นเลิศและการผลิตกำลังคนระดับสูงเฉพาะทาง และงบประมาณตามมาตรา 45 (4) งบเข้ากองทุนให้กู้ยืมดอกเบี้ยต่ำให้แก่ สถาบันอุดมศึกษาเอกชน ซึ่งแตกต่างจากงบประมาณที่จัดสรรจากกองทุนส่งเสริมวิทยาศาสตร์ วิจัยและนวัตกรรม (ววน.) ที่มุ่งเน้นการพัฒนากำลังคนด้าน ววน. ในสาขาที่ขาดแคลนหรือในพื้นที่เป้าหมาย สำหรับเป้าหมายการจัดตั้งกองทุน อาทิ ผลิตบัณฑิตและกำลังคนที่มีสมรรถนะและศักยภาพสูงเพียงพอต่อความต้องการของภาคส่วนต่างๆ ในการขับเคลื่อนการเติบโตทางเศรษฐกิจสาขาใหม่ๆ และพัฒนาสังคมและชุมชนให้ทันต่อการเปลี่ยนแปลงของโลก เกิดการพัฒนาความเป็นเลิศของสถาบันอุดมศึกษา เพื่อเพิ่มศักยภาพในการสนับสุนการวิจัยและการสร้างนวัตกรรมให้ตรงกับความต้องการของประเทศ พัฒนาและยกระดับมาตรฐานของการอุดมศึกษา สถาบันอุดมศึกษา โดยเชื่อมโยงการเรียนการสอน การวิจัยและนวัตกรรมร่วมกับนักวิชาการ สถาบันวิชาการ และองค์กรชั้นนำทั้งในประเทศและต่างประเทศ ตลอดจนมีเป้าหมายเพื่อให้เกิดระบบนวัตกรรมการพัฒนากำลังคนและบุคลากรทุกช่วงวัย เพื่อตอบโจทย์การเรียนรู้ตลอดชีวิต เพื่อพัฒนาบุคลากรของประเทศให้เป็นไปอย่างมีคุณภาพ