เมืองนครศรีธรรมราชตั้งแต่ต้นรัชกาลพระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัยจนถึง พ.ศ. 2382 ซึ่งเป็นช่วงที่เจ้าพระยานครฯ (น้อย) ยังมีชีวิตอยู่ เป็นช่วงที่ตระกูล ณ นครเข้มแข็งและมีอำนาจรุ่งเรืองถึงขีดสุด มีอิทธิพลครอบคลุมทั่วทั้งภาคใต้

ระยะนี้การดำเนินนโยบายต่างๆจะเป็นไปในลักษณะที่เสรีมาก แทบจะไม่ต้องฟังเสียงจากกรุงเทพมหานคร ทำให้ผู้สังเกตการณ์ชาวตะวันตกหลายคน ไม่ว่าจะเป็นปาลเลกัวซ์ (Pallegoix) หรือ เจมส์ โลว์(James Low) ต่างก็เข้าใจผิดว่าเจ้าพระยานครฯ (น้อย) เป็นเจ้าประเทศราชของสยาม เพราะอำนาจและบารมีครอบคลุมทั้งทางด้านการเมืองและเศรษฐกิจ

แม้แต่เฮนรี เบอร์นี(Henry Burney) ซึ่งเดินทางมาถึงเมืองนครศรีธรรมราชในปี พ.ศ. 2369 ยังบันทึกไว้ว่าการค้าของเมืองนี้ผู้ครองนครคุมเสียหมด

อย่างไรก็ตามภายหลังการอสัญกรรมของเจ้าพระยานครฯ (น้อย) สถานการณ์ทั้งทางด้านการเมืองและเศรษฐกิจในบริเวณนี้ก็ได้เปลี่ยนแปลงไป

กล่าวคือ รัฐบาลกลางได้ยกเลิกนโยบายการขยายอำนาจลงไปในบริเวณหัวเมืองมลายูอย่างสิ้นเชิงแต่จะให้ความสำคัญกับการพัฒนาเศรษฐกิจของหัวเมืองชายฝั่งตะวันตกแทน

เนื่องจากบริเวณนี้เป็นแหล่งทรัพยากรดีบุกซึ่งเป็นที่ต้องการของตลาดโลก
นอกจากนั้นยังเป็น การเตรียมตัวรับการขยายอิทธิพลเข้ามาของอังกฤษในคาบสมุทรมลายูอีกด้วย
ในปี พ.ศ.2382 ราชสำนักได้แต่งตั้งบุตรชายของเจ้าพระยานครฯ(น้อย) เป็นเจ้าเมืองนครศรีธรรมราชแทน

แต่เนื่องจากพระยานครฯ (น้อยกลาง) ผู้นี้ไม่ได้มีบารมีมากเหมือนบิดาจึงเป็นโอกาสให้ส่วนกลางเข้าแทรกแซงและลดอิทธิพลของเจ้าเมืองอีกครั้ง โดยการสับเปลี่ยนตำแหน่งเจ้าเมืองบริวารของนครศรีธรรมราชหลายเมืองด้วยกัน

เริ่มจากการพระราชทานอภัยโทษให้เจ้าเมืองไทรบุรี (ปะแงรัน) กลับมาปกครองเมืองอีกครั้ง สำหรับพระภักดีบริรักษ์ (แสง) และพระเสนานุชิต (นุช) ซึ่งรับราชการที่เมืองไทรบุรีเมื่อครั้งเจ้าพระยานครฯ (น้อย) ยังมีชีวิตอยู่รัฐบาลกลาง ตัดสินใจโยกย้ายให้มาดำรงตำแหน่งผู้ว่าราชการเมืองพังงาและผู้ช่วยราชการในเดือนสิงหาคมปีเดียวกัน

ยังมีการเปลี่ยนแปลงตำแหน่งเจ้าเมืองพัทลุง โดยการแต่งตั้งพระปลัดจุ้ยตระกูลจันทโรจน์วงศ์เป็นเจ้าเมือง
ส่วนพระยาพัทลุง (น้อยใหญ่)บุตรชายเจ้าพระยานครฯ (น้อย)ให้เข้ามารับราชการที่กรุงเทพมหานคร ทำให้ตระกูล ณ นคร หมดบทบาทบังคับการเมืองต่างๆ ดังกล่าวไปโดยปริยาย

นอกจากการแทรกแซงเพื่อลดอำนาจแล้ว รัฐบาลได้นำเอาวิธีการคานอำนาจมาใช้อีกครั้ง ด้วยการโอนเมืองตรังซึ่งเดิมขึ้นกับเมืองนครศรีธรรมราช ไปขึ้นกับเมืองสงขลาในปี พ.ศ. 2391 และยกฐานะของเมืองสงขลาให้เสมอกับเมืองนครศรีธรรมราชในปี พ.ศ. 2403 โดยอ้างเหตุผลทางด้านเศรษฐกิจดังปรากฏในพระบรมราชโองการดังนี้

... เมืองสงขลาได้ว่าเมืองแขกมลายูประเทศราชขึ้นหลายเมือง ตั้งอยู่สุดเขตแดนหัวเมืองที่ถือน้ำพระพิพัฒน์สัตยา ฝ่ายปากใต้ ต่อแดนเมืองแขกมลายูหลายทิศหลายทาง เมื่อครั้งแผ่นดินสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกย์ล่วงมาแล้ว ได้ทรงพระมหากรุณาชุบเลี้ยงตั้งพระยาผู้สำเร็จราชการเมืองสงขลา เป็นตำแหน่งเจ้าพระยาถือศักดินา 10000

. . . บัดนี้เมืองสงขลาก็รุ่งเรืองจำเริญเป็นที่ไปมาค้าขายของลูกค้าต่างประเทศ แลลูกค้าในเมืองก็ตั้งตัวทำมาหากินค้าขายแลทำสิ่งของต่างๆ เจริญขึ้นมากกว่าแต่ก่อน ป้อมแลกำแพงเมืองก็ได้สร้างขึ้น แลทำนุบำรุงไว้ดีงามเป็นสง่ากว่าเมืองปากใต้อยู่แล้ว

. . . เพราะฉะนั้น บัดนี้ให้พระยาวิเชียรคิรีศรีสมุทฯ. . .ถือศักดินา 10000 จงมีอำนาจได้ว่ากล่าวสิทธิขาดในราชการทั้งปวงตลอดแขวงเมืองสงขลา แลเมืองขึ้นเมืองสงขลาทั้งปวงตามอย่างแต่ก่อน..

นับเป็นการเริ่มต้นนโยบายแบ่งแยกแล้วปกครองเพื่อสลายอำนาจตระกูล ณ นครอย่างชัดเจน กล่าวคือ บุตรสายท่านผู้หญิงอิน ก็ให้ปกครองเมืองนครศรีธรรมราช ตามระบบกินเมือง ซึ่งนับวันอำนาจทั้งทางเศรษฐกิจและการเมืองก็ยิ่งลดลงเรื่อยๆ

ส่วนบุตรสายภรรยาอื่นก็ให้ปกครองเมืองพังงาด้วยวิธีการเหมาเมืองซึ่งเอื้อต่อการสะสมทุนและขยายขอบเขตทางเศรษฐกิจทำให้เกิดการบาดหมางขัดผลประโยชน์กันเองระหว่างพี่น้องต่างมารดา จนถึงขั้นเป็นคดีความ

เป็นที่ประจักษ์ว่า เมื่อถึงรัชกาลพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ส่วนกลางได้แทรกแซงจนอำนาจการบังคับบัญชาของเจ้าเมืองนครศรีธรรมราชในเมืองชายฝั่งทะเลตะวันออกอ่อนแอลงไปมาก ส่งผลให้ขอบเขตทางเศรษฐกิจและผลประโยชน์ลดลงไปด้วย

อย่างไรก็ตามรัฐบาลกลางก็มิได้ยุติบทบาทลงแต่เพียงเท่านั้น สำหรับหัวเมืองชายฝั่งทะเลตะวันตกซึ่งแต่เดิมอยู่ภายใต้การดูแลของเมืองนครศรีธรรมราช เมื่อถึงรัชสมัยของพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวหัวเมืองเหล่านี้เริ่มปรากฏความสำคัญทางด้านเศรษฐกิจ เนื่องจากอุดมไปด้วยแร่ดีบุกราชสำนักจึงเปิดโอกาสให้ชาวจีนเข้ามาบุกเบิกทำเหมืองแร่ และผูกขาดอากรต่างๆ จนพัฒนาไปสู่ระบบเหมาเมือง

นอกจากนั้นยังมีข้อกำหนดว่า หากผู้ว่าราชการคนใดบุกเบิกขยายพื้นที่เหมืองแร่แห่งใหม่ นอกจากจะได้สิทธิผูกขาดอากรดีบุกในเขตนั้นแล้ว ยังได้สิทธิปกครองในเขตพื้นที่นั้นด้วย

วิธีการดังกล่าวนอกจากจะให้ผลประโยชน์แก่ราชสำนักเป็นจำนวนมากและเป็นเครื่องมือในการควบคุมอำนาจท้องถิ่นได้โดยตรงแล้ว ในระยะยาวยังเป็นเครื่องมือจำกัดอำนาจตระกูลณ นคร ในพื้นที่นี้อย่างได้ผลอีกด้วย

ตัวอย่างชาวจีนซึ่งเติบโตจากระบบเหมาเมือง ได้แก่ คอซู้เจียง (ต้นตระกูล ณ ระนอง)ชาวจีนฮกเกี้ยน พ่อค้าจากปีนังที่ได้รับพระบรมราชานุญาตให้เป็นนายอากรดีบุกเมืองระนองเมื่อพ.ศ. 2387 อีก 10 ปีต่อมาก็ได้รับแต่งตั้งเป็นพระรัตนเศรษฐี เจ้าเมืองระนอง

ต่อมาไม่นานกลุ่มตระกูลนี้สามารถขยายอิทธิพลในหัวเมืองชายฝั่งทะเลตะวันตกอย่างกว้างขวาง

การลดอำนาจเจ้าเมืองนครศรีธรรมราชของราชสำนักหลังหมดยุคเจ้าพระยานครฯ (น้อย)ยังคงมีมาอย่างต่อเนื่อง ดังจะเห็นได้ในปี พ.ศ. 2401 รัฐบาลกลางได้กล่าวโทษพระยาไชยา (กลับ) หลานของเจ้าพระยานครฯ (น้อย) ว่าเมื่อครั้งเป็นเจ้าเมืองพังงา ได้กล่าววาจาหยาบช้าต่อพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวเมื่อครั้งดำรงพระยศเป็นเจ้าฟ้ามงกุฎและยังประจบหม่อมไกรษร

ประกอบกับมีผู้ฟ้องร้องกล่าวโทษพระยาไชยาถึง 60-70 เรื่อง จึงทรงมีพระบรมราชโองการตัดสินให้ประหารชีวิตแต่ในที่สุดก็มีการลดโทษลง กล่าวคือให้เฆี่ยน 3 ยก ตระเวนน้ำตระเวนเรืออย่างละ 3 วัน จากนั้นให้เอาขึ้นขาหยั่งประจานพร้อมทั้งริบทรัพย์ บุตร ภรรยา ข้าทาส

นอกจากนโยบายต่างๆ ที่รัฐบาลกลางนำ มาใช้เพื่อลดทอนอำ นาจของเจ้าเมืองนครศรีธรรมราชจนอ่อนแอลงไปมากแล้ว ในช่วงปลายรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ราชสำนักยังทำให้เจ้าเมืองนครศรีธรรมราชรู้สึกว่าถูกบีบคั้นมากขึ้นไปอีก

ด้วยการผนวกหัวเมืองพังงา ตะกั่วป่า ตะกั่วทุ่ง และระนอง (ซึ่งเจ้าเมืองเป็นเครือญาติกันทั้งหมด) มาขึ้นกับกรุงเทพมหานครโดยตรง สร้างความไม่พอใจให้กับเจ้าเมืองนครศรีธรรมราชเป็นอันมาก เพราะหัวเมืองดังกล่าวเป็นฐานเศรษฐกิจที่สำคัญของตระกูล ณ นคร ซึ่งมีการค้นพบแหล่งแร่ดีบุกเพิ่มมากขึ้นตลอดเวลา

กล่าวได้ว่าความบาดหมางระหว่างเจ้าเมืองนครศรีธรรมราชกับราชสำ นักและความแตกแยกภายในตระกูลส่งผลให้อิทธิพลของพระยานครฯ (หนูพร้อม) ตกต่ำลงจนถึงที่สุดเห็นได้จากการเรียกตัวพระยานครฯ (หนูพร้อม) มากักตัวไว้ที่กรุงเทพมหานครนานถึง 15 ปี

ภายหลังจากที่ถูกกักตัวไว้ที่กรุงเทพมหานครเป็นเวลานานพระยานครฯ (หนูพร้อม) ก็ได้รับพระบรมราชานุญาตให้กลับไปรับราชการที่เมืองนครศรีธรรมราชในปี พ.ศ. 2437 กล่าวได้ว่า ในเวลานี้อำนาจการปกครองส่วนใหญ่ได้ถูกถ่ายโอนไปยังราชสำนักเรียบร้อยแล้ว.