วันที่ 3 มิ.ย. นายประทีป เพ็งตะโก อธิบดีกรมศิลปากร เปิดเผยว่า หลังจากที่กรมศิลปากรได้ชี้แจงว่าไม่มีความเกี่ยวข้องใด ๆ กับกระบวนการจัดทำรายงานผลกระทบสิ่งแวดล้อม (EIA) ในโครงการรถไฟความเร็วสูง ไทย-จีน ซึ่งมีส่วนเข้าใกล้พื้นที่มรดกโลกพระนครศรีอยุธยาไปแล้วนั้น กรมศิลปากรขอชี้แจงเพิ่มเติมว่า เมื่อเดือนธันวาคม พ.ศ. 2561 สำนักศิลปากรที่ 3 พระนครศรีอยุธยา ได้เข้าร่วมการประชุมเตรียมความพร้อมด้านโลจิสติกส์และการคมนาคม เพื่อรองรับการก่อสร้างสถานีรถไฟความเร็วสูงและศูนย์ซ่อมบำรุงและควบคุมการเดินรถจังหวัดพระนครศรีอยุธยาของหน่วยงานต่าง ๆ ที่เกี่ยวข้องในจังหวัด ซึ่งในการประชุมครั้งนั้น บริษัทที่ปรึกษาโครงการฯ ได้ชี้แจงรายละเอียดเกี่ยวกับการก่อสร้างอาคารสถานีอยุธยาและพื้นที่โดยรอบ ผู้แทนสำนักศิลปากรที่ 3 พระนครศรีอยุธยา ได้พิจารณาเห็นว่าโครงการฯ มีงานก่อสร้างอาคารสถานีขนาดใหญ่ มีความสูงถึง 45 เมตร และอยู่ในเกณฑ์ที่อาจทำให้เกิดผลกระทบกับโบราณสถานและมรดกโลกอยุธยา จึงแจ้งให้ที่ประชุมทราบว่า ทางบริษัทที่ปรึกษาจะต้องสำรวจผลกระทบต่อโบราณสถานที่อยู่ริมทางรถไฟ หรือ EIA ก่อนการดำเนินงาน ซึ่งบริษัทที่ปรึกษาได้แจ้งตอบในการประชุมว่า มีการอนุมัติรายงาน EIA ไปแล้วตั้งแต่ 6 กรกฎาคม 2560  โดยคณะกรรมการสิ่งแวดล้อม  

         " ทางสำนักศิลปากรที่ 3  พระนครศรีอยุธยา จึงดำเนินการตรวจสอบ ไม่พบว่า มีการส่งรายงานสำรวจ EIA มายังสำนักศิลปากรที่ 3  พระนครศรีอยุธยา แต่อย่างใด สำหรับอาคารสถานีอยุธยา บริษัทฯ ชี้แจงว่าจะดำเนินการสร้างอาคารใหม่คร่อมอาคารหลังเก่า และปรับปรุงเป็นศูนย์ข้อมูลหรือพิพิธภัณฑ์ จึงเป็นครั้งแรกที่กรมศิลปากรได้รับทราบข้อมูลเกี่ยวกับการก่อสร้างทางรถไฟความเร็วสูงยกระดับและสถานีขนาดใหญ่ และการจัดทำแนวทางการพัฒนาพื้นที่โดยรอบสถานีขนส่ง (Transit Oriented Development - TOD)  จากนั้นเป็นต้นมาจึงเป็นการหารือรายละเอียดการก่อสร้างระหว่างกรมศิลปากรและบริษัทที่ปรึกษา ฯ ตลอดมา " นายประทีป กล่าว

     อธิบดีกรมศิลปากร กล่าวต่อว่า จนเมื่อวันที่ 17  ธันวาคม 2562  สำนักงานนโยบายและแผนการขนส่งและจราจร (สนข.) โดยกลุ่มบริษัทที่ปรึกษาโครงการศึกษาพัฒนาเมืองกับระบบโครงสร้างพื้นฐานด้านคมนาคมขนส่ง ขอเข้าหารือกับกรมศิลปากร ในประเด็นข้อกังวลเกี่ยวกับขนาดของอาคารสถานีที่มีความสูงและใหญ่เกินความจำเป็นต่อการใช้งาน และมีสิ่งก่อสร้างอื่น ๆ ที่เชื่อมต่อการเดินทางเข้าสู่เกาะเมือง จึงอาจส่งผลกระทบต่อแหล่งมรดกโลกได้ จึงขอให้กรมศิลปากรประสานหน่วยงานที่เกี่ยวข้อง ในการปรับปรุงรูปแบบอาคารให้กระทบต่อแหล่งมรดกโลกน้อยที่สุด กรมศิลปากรจึงได้แต่งตั้งคณะทำงานเพื่อประสานงานติดตามแก้ไขปัญหาที่ส่งผลกระทบต่อแหล่งมรดกโลกพระนครศรีอยุธยาโดยตรง 

     ต่อมา วันที่ 29  กันยายน 2563 กรมศิลปากรได้มีหนังสือถึงเลขาธิการสำนักงานนโยบายและแผนทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม และผู้ว่าการรถไฟแห่งประเทศไทย  แจ้งว่า พื้นที่โครงการอยู่ในเขตโบราณสถาน และอยู่ใกล้เขตมรดกโลกพระนครศรีอยุธยา จึงขอให้มีการพิจารณาทางเลือกในการออกแบบสถานีที่เหมาะสมอีกครั้ง เช่น ปรับลงเป็นทางลอดใต้ดิน หรือเบี่ยงไปใช้เส้นทางใหม่หรือย้ายที่ตั้งสถานี และไม่เห็นด้วยกับรูปแบบสถานีที่มีการนำเสนอ และขอให้การรถไฟส่งรายละเอียดรูปแบบรางและอาคารสถานีในแนวเส้นทางรถไฟตลอดทั้งเส้นให้กรมศิลปากรตรวจสอบพิจารณา และขอให้มีนำเสนอต่อคณะกรรมการแห่งชาติว่าด้วยอนุสัญญาคุ้มครองมรดกโลกเพื่อทราบต่อไป ต่อมาวันที่ 6  ตุลาคม  2563  รองปลัดกระทรวงคมนาคม รองอธิบดีกรมการขนส่งทางราง ผู้แทนการรถไฟแห่งประเทศไทย ผู้แทนกรมการขนส่งทางราง ได้เข้าหารือกับอธิบดีกรมศิลปากรเกี่ยวกับการก่อสร้างสถานีอยุธยาของโครงการรถไฟความเร็วสูงช่วงกรุงเทพ-นครราชสีมา ณ ห้องประชุมกรมศิลปากร ชั้น 8 (เทเวศร์)

      " ในครั้งนั้น กรมศิลปากรมีประเด็นนำเสนอว่า โครงการรถไฟความเร็วสูงฯ มีส่วนเข้าใกล้พื้นที่มรดกโลกพระนครศรีอยุธยา จึงควรให้ความสำคัญต่อบริบทความเป็นมรดกโลกของพื้นที่ และร่วมกันพิจารณาหาทางเลือกในการออกแบบสถานีที่เหมาะสมร่วมกัน และต้องดำเนินการศึกษาผลกระทบต่อมรดกทางวัฒนธรรม หรือ HIA ต่อแหล่งมรดกโลกพระนครศรีอยุธยา รวมถึงให้ดำเนินการจัดทำการพัฒนาพื้นที่รอบสถานีขนส่งมวลชน (TOD) ตามความจำเป็น " นายประทีป กล่าว